1、反渗透设备运行的安全性
反渗透设备设计时应把安全运行放在首位考虑，把所有影响安全的因素都排除掉，使设计的全套系统的运行安全可靠。
2、经济节能环保、操作和维护简易
设计者必须考虑运行的经济节能、易于操作和维护以及符合环境保护方面的要求。
3、合理完善的预处理系统
为保证反渗透设备的正常运行和达到生产要求，预处理系统的设计十分重要。设计时应对水量、压力等数据进行准确计算，给反渗透设备设计一套完善合理的预处理系统。
4、膜元件的选型
膜元件制造厂商一般都提供设计导则供设计者遵循，导则中对于不同的给水水源和SDI值规定了最大膜元件产水量，最大膜元件回收率和最大给水流量。在膜元件的选型时要根据厂家提供的设计导则合理的选型。
5、产水量和系统回收率的控制
RO反渗透设备的运行，对产水量和系统回收率的控制非常重要，根据产品水流量表和排水流量表控制高压泵出口阀和RO排水阀，要维持表计的准确性，表计必需校准。
6、反渗透设备必须考虑静背压问题
RO反渗透设备设计时必须考虑静背压问题，膜元件任何时候产品水侧的压力都不能高于给水及排水的压力，即膜元件不允许承受背压，对于复合膜元件静背压必须小于5psi。