冬虫夏草资源调查
新中国成立后，中国科学院、青海省畜牧兽医科学院、中山大学和重庆市中药研究院等单位先后在青藏高原局部地区开展了冬虫夏草资源调查研究工作。从1983年至今，中国科学院冬虫夏草研究小组，每年5-7月开展冬虫夏草资源跟踪调查，并建立了野外研究基地。
中国农业部高度重视冬虫夏草资源调查工作，于2008年立项予以支持，计划用5年时间，对中国冬虫夏草资源进行全面调查。2008-2009年，农业部草原监理中心组织相关单位，深入西藏自治区和青海省开展调查工作，较为全面地掌握了中国冬虫夏草主产区的资源现状、采集管理、市场贸易等情况，为中国有关部门管理决策提供了科学依据。
冬虫夏草菌种的确定
在长达30多年的孜孜不倦探索中，中国科学家先后从冬虫夏草中分离出了20多种菌种。2005年10月29日，中国菌物学会在北京召开了冬虫夏草无性型研讨会，会议确认冬虫夏草菌的无性型为中国被毛孢（Hirsutella sinensis）。该菌种由青海省畜牧兽医科学院沈南英于1980年最早成功分离，由刘锡琎等于1989年定名为中国被毛孢，其他菌种只能看作是“分离自冬虫夏草的菌种”。中国科学家对中国被毛孢适宜的生长条件、人工培养以及医疗保健作用等开展了深入研究。目前，中国已开发出中国被毛孢菌丝体发酵产品供应市场。
蝙蝠蛾昆虫的研究
作为冬虫夏草的寄主，蝙蝠蛾昆虫是开成冬虫夏草必不可少的条件。这种蕴神奇于平凡的昆虫到底有多少种类呢？科学家的回答是：60种左右。野外调查研究表明，蝙蝠蛾幼虫喜食珠芽蓼、头花蓼和小大黄等植物的幼嫩根茎。在爬到地表之前，它在土层中的隧道里生长，喜欢的土壤环境是5℃-16℃的温度和40%-60%的湿度。经过3-4年的生长期，幼虫化为蛹，蛹再化为成虫。通过对蝙蝠蛾生长环境的模拟，科学家已经实现了低海拔地区蝙蝠蛾昆虫的规模化人工繁殖，人工繁殖时主要以胡萝卜等替代代饲料喂食，生长周期比野生条件下明显缩短，从而为冬虫夏草的人工栽培提供了虫源。
冬虫夏草的人工栽培
经过多年的探索和研究，中国科学家在蝙蝠哦昆虫的繁殖和冬虫夏草菌的培养方面取得了成功，走出了冬虫夏草人工栽培的坚实一步。但是，冬虫夏草菌接种人工饲养的蝙蝠蛾幼虫，存在感染率低以及难以发育成冬虫夏草的难题。
冬虫夏草化学及分子水平的研究
为了研究冬虫夏草药理活性的物质基础和制定产品质量标准，中国科学家对冬虫夏草的化学成分进行了广泛的研究。目前，研究表明冬虫夏草含有多糖、核苷类和甾醇类等多种化合物。
近年来，中国科学家在冬虫夏草菌分子生物学研究方面也开展了一些工作，首次从冬虫夏草菌中克隆到参与穿透昆虫体壁的丝氨酸蛋白酶基因以及参与有性生殖的交配型基因。通过冬虫夏草菌种群遗传学的分析，发现青藏高原不同地域的冬虫夏草存在明显的遗传分化。
冬虫夏草产品开发
得地利之便，冬虫夏草的药用在中国已经有几百年的历史。以往，冬虫夏草一般是直接入药或食用。近年来，为满足不同消费者需求，中国已研发出以冬虫夏草为原料的胶囊和药酒等多种产品。随着研究的深入，以冬虫夏草菌或从冬虫夏草中分离的其他菌研制的药品和保健品，包括胶囊、口服液、含片、药膏等已进入市场，年产值上百亿元，冬虫夏草产业已初具规模。