要想变被动应付为主动预防、把人畜共患病的危害降至最低，就必须增强以人为本的理念，建立健全科学有效的人畜共患病防控体制和机制。
首先，坚持预防为主、人病畜防，把关口前移，强化兽医公共卫生体系建设，保障源头防控。比如，建立健全动物防疫工作机构和专业队伍，加强动物疫病预测、预报、预警与诊断能力建设, 建立兽医部门与卫生部门的协作及联防联控机制等。
其次，开展人畜共患病现状调查，持续开展重要人畜共患病流行病学监测，建立重要人畜共患病流行病学数据库并实现信息共享，实行重要人畜共患病监测预警。
最后，推动畜禽养殖方式改进，提升畜禽生产的生物安全水平。普及科学饲养管理知识，推广良好饲养规范以及大型集约养殖企业生物安全隔离区建设，隔离人、畜、禽的居住环境，合理安排饲养密度, 引导和教育生产者加强饲养环境卫生的治理，减少畜禽发病率。
畜禽养殖的确是防控人畜共患病的关键环节。要严格控制抗生素的使用，特别是杜绝在饲料中违禁添加抗生素的行为，否则动物和病原体都会产生耐药性，传染病发生后就将无药可治。
同时，加强在物种引进过程中的疾病风险评估，把风险降低到可控范围内，不要以人的健康为代价换取经济的发展；对于动物性产品，一定要严格检验检疫，把可能带来的病原体挡在国门之外。
此外，还要加强技术储备研究，提升人畜共患病的技术保障能力。